Axel Beernaert studeerde in 1972 af als kinesitherapeut. Van 1972 tot en met 1977 specialiseerde hij zich in de manuele therapie in Zweden (bij Jern Hamberg) en Noorwegen (het Freddy Kaltenborn-concept). Hij richtte in 1984 FILAX, een postgraduaat bijscholing in manuele therapie, op en in 1991 de Belgian Institute for Modern Orthopaedic Manual Therapy (BIMOMT). In 1992 behaalde hij een Master in Orthopaedic Manual Therapy aan het Ola Grimsby Institute in Salt Lake City (Utah, USA). Sinds 1996 is hij kerndocent aan de postgraduaatopleiding Manuele Therapie van de Universiteit Gent.